A FACSM foi fundada em 17 de maio de 2013. O propósito da Instituição é auxiliar no processo de desenvolvimento e transformação da comunidade na qual está inserida e procura firmar-se e afirmar através da educação, buscando substancial produção de conhecimentos. Pois, somente o conhecimento, reflexão e crítica possibilitam a integração das dimensões individual e coletiva, gerando competência e criatividade e, portanto, desenvolvimento humano.
O projeto de criação da instituição nasceu com o intuito de proporcionar à comunidade são-marquense e regional a busca e aperfeiçoamento do conhecimento. A Faculdade de São Marcos marca uma nova era no processo educacional do município de São Marcos e região.
Os professores da FACSM estão aptos a tornar estudantes em excelentes profissionais, capazes de atuar de maneira estratégica e criativa. Sua infraestrutura é adequada para receber os alunos, nos três cursos de graduação e nos de pós-graduação existentes. Com salas amplas, material didático disponível na Biblioteca da instituição, além de laboratórios de informática com equipamentos modernos.